前回までの記事で水分子の構造最適化の実施について、紹介しました。
通常は最適化計算後、座標データや構造の確認を行うかと思います。
以下は前回紹介したコードですが、計算のアウトプットファイルは"h2o-opt.txt"に保存されていて、このファイルを確認することで計算の詳細、過程や座標データを確認することができます。
以下はoutput ファイル内に記載された内容の一部になります。最適化
された座標データは一番したの欄で確認できます。ただ、いちいち
アウトプットファイルを確認するのも手間がかかりますので、座標データ
を確認できるコードを加えてみました。
以下は前回のコードにxyz座標データを取り出すコード（save_string_xyz_file( ) ) を加えたものになります。座標データはxyz形式としてファイル保存するとともに、print 文で表示もしています。座標データのみのファイルがあると別の計算を実施したりする際にも便利ですよね。
上記のコードをjupyter notebook上で実施すると以下のような結果が表示され、最適化後の座標が確認できます。座標だけではどのように最適化されているかはイメージしにくいかもしれませんが、小さな分子であればなんとなくそれぞれの原子がどのように位置しているかは想像できるかもしれませんね。
次回は、最適化構造の描画について紹介したいと思います。
