あるケミストの独り言(winchemwinの日記)

ケミスト(化学者)の視点で、面白そうな情報(シミュレーション関係など)を発信

SMILES自動作成アプリ(Arranged from the code of Prof Kaneko) その1

 機械学習用にある有機化合物の誘導体のSMILES構造を多量に発生させたい場面に時々遭遇します。そのような際に、コアとなる基本構造と変化させたい官能基のデータを用意するだけで自動的にSMILES構造を発生させるPythonコードを明治大学の金子先生が提供していただいています。

datachemeng.com


非常に便利なコードで、網羅的にSMILES構造を簡単に作成することができます。ただ変化させる官能基用のファイルを別途用意する必要などもあり、もう少し簡単に作業できるようなアプリができないかということでTkinterでアプリを作成してみました(下記)。

Tkinterアプリの画面

 基本構造のMolファイル(官能基を変化させたい箇所をR(*)とした)を準備するだけで、変化させる官能基の部分はアプリ上でチェックするだけで様々な官能基を有する誘導体のSMILESを自動的に発生させることができます。
 次回以降に作成したコード、使い方などについて順次説明してゆきたいと思います。