前回までの記事で、各種物性値として電荷や双極子モーメントの計算について紹介しました。今回は化学物質の反応性等の考察にもよく利用される軌道エネルギーの算出について、紹介したいと思います。 コード１ 構造最適化等 今回もターゲット分子はアセトニト…

前回の記事で電荷計算についてについて紹介しました。今回は双極子モーメントの計算について紹介したいと思います。 今回もターゲット分子はアセトニトリルです。構造最適化を行い、エネルギー計算を行うまではこれまで紹介してきた事例と同様かと思います。…

前回までの記事で、化合物の構造最適化、振動計算の実施について紹介してきました。今回は化合物の物性値として、電荷計算の事例について紹介したいと思います。 電荷計算のコード 化合物はアセトニトリルを対象として、構造最適化を行ったあとに、エネルギ…

前回の記事で振動計算について紹介させていただきました。振動計算は、通常構造最適化に続いて行うことも多いことから、構造最適化を行った後にそのまま振動計算をするコードを作成してみました。また構造最適化後の振動計算は、負の振動数がないかどうか（…

前回までの記事で、構造最適化計算と得られた計算結果の表示について紹介してきました。 得られた最適化構造が安定構造かどうかと確認するために、振動計算が必要となりますので、今回は振動計算について、紹介したいと思います。 下記がアセトニトリルの振…

前回までの記事で水分子の構造最適化と座標データの表示について紹介させていただきました。今回は最適化構造の可視化について、紹介したいと思います。可視化にあたっては、jupyter notebook 上で可視化できるpy3Dmolを使用しています。py3Dmolについては「…

前回までの記事で水分子の構造最適化の実施について、紹介しました。 通常は最適化計算後、座標データや構造の確認を行うかと思います。 以下は前回紹介したコードですが、計算のアウトプットファイルは"h2o-opt.txt"に保存されていて、このファイルを確認す…

前回までの記事で、座標データの取得まで説明してきましたので、ここからは、実際の計算用コードの作成に移ってゆきたいと思います。以下は水分子の構造最適化のコードの例です。 H2Oの構造最適化の参考コード１ 最初にpsi4のライブラリーをインポート（impo…

デモのプログラムでPsi4の動作が確認できたら、いよいよ実際の掲載に移っていきます。 Psi4では化合物の座標情報として、デカルト座標系, Z-matrix 系 のインプットの入力が可能です。ここではデカルト座標系での入力で計算を実施してゆきたいと思います。化…

前回までの記事でPsi4のインストールまで実施できましたので、いよいよプログラムを実行してゆきます。 Ubuntu 環境でコマンドラインで入力してもOKなのですが、このブログでは入力やエラーが出た際の対処なども含め、効率的にプログラムの実行、検証を行え…

Psi4 のインストールの続きです。今回は仮想環境の構築とPsi4のインストールです。 Psi4用の仮想環境を構築してゆきます。先の記事でも紹介しましたが、Pythonで利用できるモジュールは多数ありますが、主要プログラム（今回はPsi4)を快適に動作させるための…

Psi４は前の記事で記載のようにオープンソースの量子化学計算ソフトウェアでWindows、Linux、Macのそれぞれで使用可能です。インストールですが、「Psi4」のホームページのダウンロードのサイトで各種インストール方法が示されています。 （https://psicode.…

はじめまして winchemwin です。ケミスト（化学者）の視点からみなさんの役に立つかもという記事（当面はシミュレーション関係？）を自分への備忘録も兼ねて書いてゆきたいと思っています。 第1回目は、フリーで利用可能な量子化学計算ソフトの話です。 有機…